桂林市科协于1958年10月成立。桂林市、地科协的前身分别是桂林市、地自然科学专门学会联合会和桂林市、地科学技术普及协会。1998年地市合并，成立了新的桂林市科协。桂林市科协主要面向基层、农村和社区广泛开展科学技术普及工作，组织大型科普活动和青少年科技教育活动，提高全民科学素质和青少年的科技创新能力。2015年，桂林市科协行政机关设四部一室（组织人事部、学会部、科普（青少）部、国际部、办公室），人员编制17名（其中工勤人员2人），实有在职人员17人；科协全额事业单位4个（桂林市科技进修学院、桂林科技报编辑部、桂林市科普宣传站、桂林市青少年科技器材服务部），人员编制共12名，实有在职人员共7人；自收自支事业单位1个（桂林科学技术活动中），人员编制7人，实有在职人员7人。全市科协系统包括市级自然科学学会（协会、研究会）29个，企业院校科协23个；县（区）科协17个，县（区）自然科学学会（协会、研究会）296个；乡镇科协145个，村科普协会1463个，农村专业技术协会735个。2015年5月，桂林市科协召开了第四次代表大会，选举产生了桂林市科协第四届领导班子、常委和委员。